F.3.A.R. (або F.E.A.R. 3) починається зі вступу, що пояснює події попередніх ігор. Антагоніст першої гри, Пакстон Феттель, звільняє Пойнтмена з притулку, де його допитували в службі безпеки Армачаму. Разом з Феттелем гравцеві доручено знайти колегу-оперативника Джин Сунь-Квон та розкрити правду, яка стоїть за Альмою та злою корпорацією Армахам, яка її створила. Історію також можна грати в кооперативному режимі, що дозволяє другому гравцеві грати у ролі Феттеля та використовувати психічні здібності, щоб битися разом з іншим гравцем.
Гравцеві доводиться використовувати від пістолетів до ракетних установок, щоб відбивати ворожих солдатів, монстрів та ворожий культ, які раніше були жителями міста. Як і в F.E.A.R. гравець може використовувати власну психічну здатність, яка сповільнює все навколо, тому він може стріляти в ворогів, не відстрілюючи їх. Новий варіант для гравця - сховатися за прикриттям і чекати нагоди, щоб стріляти по ворогах. Ще однією особливістю, що повертається, є послідовності, коли гравець викрадає бойового робота і може вбивати ворогів ракетами, поки вони безнадійно обстрілюють його.