Як і в попередніх частинах, Jak 3 — це суміш платформера, гонок на виживання і шутера. У грі, крім основної сюжетної лінії, є побічні місії, за які гравець отримує невелику нагороду. Також грі представлена повна свобода дій, за винятком виконання деяких сюжетних завдань. За проходження побічних місій гравцеві будуть відкриватися секретні хитрощі, починаючи жартівливими, і закінчуючи відкриттям додаткового транспорту, безсмертя (крім падінь), або поліпшення зброї.
Після подій другої частини пройшло зовсім небагато часу. У Хейвен-Сіті вибухнула війна. На армію Опору з двох боків тиснуть Роботи Крімзона (KG Deathbots), а також вцілілі представники раси Меднолобих (Metalheads). Місто практично зруйнований, і в усьому звинувачують Джека. Наказом міської ради його засилають в пустелю. Однак Ашелін, дочка Барона Праксис (антагоніст другій частині), дає Джеку маяк, по сигналу якого його, а також Декстера і Пекера знаходять мешканці пустельного міста Спаргуса (Spargus). Тепер Джеку належить довести, що його врятували не дарма, що він гідний стати громадянином Спаргуса. До того ж Джеку доведеться зіткнутися з багатьма труднощами: війна, несподівані відкриття і зустрічі, а також врівноважити Тьму в собі Енергією Світу.