Spider-Man: Web of Shadows – Amazing Allies Edition – це двомірний сайд-скроллер з тривимірною графікою. Сюжет нагадує версії для консолей сьомого покоління. Шматок симбіонту Венома, що відколовся, починає заражати жителів Нью-Йорка, і врятувати місто має сама Людина-павук. Він може будь-якої миті перемикатися між заднім і червоним костюмами, у кожного з яких свій набір рухів і здібностей.
Коли людина-павук перемагає ворогів, вона отримує окуляри умінь, які можна використовувати для придбання посилених характеристик та нових прийомів. Для кожного костюма вони свої. Загалом, червоний наголошує на спритність, а чорний - на жорстокість. Щоб придбати нові прийоми, потрібно мати не лише необхідні окуляри, а й достатню репутацію. Протягом усієї гри ви розмовляєте з іншими персонажами, в яких вам пропонується вибрати червоний, чорний або нейтральний варіант. Відповідь "червона" або "чорна" підвищує репутацію костюма, як і інші дії в грі.
На кожному рівні можна взяти п'ять бонусів. Це можуть бути спеціальні здібності, наприклад, тимчасова невразливість або однойменні союзники. При виклику вони з'являються на екрані і завдають певного типу шкоди, а потім зникають. Союзники відкриваються після перемоги над босами. Червоний костюм відкриває союзників героїв, таких як Люк Кейдж та Шторм, а чорний костюм відкриває союзників лиходіїв, таких як Галактус та Хобгоблін.