Геймплей і структура квестів у Shadowbringers багато в чому співпадають із базовою грою. Як і в багатьох інших MMORPG, гравці взаємодіють один з одним у постійному світі, який реагує на їхні дії. Класи, які визначають здібності гравця в бою, були скориговані у різний спосіб, включаючи збільшення максимального рівня сили до 80-го рівня. Зміни, що включають нові здібності та оптимізацію старих здібностей, були покликані зробити досвід гри різними класами різноманітнішим. У відповідь на відгуки, класи танків більше не отримують штрафу, коли танкують ворогів. Бойові ресурси, такі як окуляри магії, були перебалансовані, щоб підвищити зручність використання здібностей. Також були введені два нових класи професій - Gunbreaker, клас танка, що володіє пістолетними клинками, і Dancer, клас завдає шкоди на відстані, що володіє чакрамом. Gunbreaker був натхненний клинком з Final Fantasy VIII. Для Dancer команда була надихнута народними танцями з усього світу з акцентом на "заохочення союзників" за допомогою танцю. Ці завдання починаються на 60-му рівні і мають власні сюжетні лінії. Команда розробників віддала перевагу новому класу танка, щоб збалансувати кількість основних та додаткових танків, а також новому дилеру збитків з далеким боєм, оскільки раніше їх було лише два. Вони утрималися від додавання нового класу лікарів, щоб зберегти ігровий баланс між трьома лікарями.
У Shadowbringers гравець може вибрати для дослідження підземелля компаньйонів Trust, а не інших гравців. Ці компаньйони "Довіра" є союзниками за сюжетом і мають унікальний діалог залежно від того, які комбінації персонажів вибрано. Програма для "Трастів" була адаптована та модифікована із системи Gambit у Final Fantasy XII. Команда розробників висловила аспекти особистості цих персонажів через їхню поведінку в бою. Система довіри була розроблена для підтримки гравців, незнайомих з мережними іграми, полегшення необхідності чекати інших гравців, щоб досліджувати підземелля, та допомоги в отриманні очок досвіду для додаткових класів. Для останньої мети також була скоригована система квестів. Побічні завдання Shadowbringers автоматично масштабуються залежно від рівня гравця. Рольові квести для різних бойових, ремісничих та збиральних класів навчають аспектам цих ролей, а також розширюють сюжет та історію Перших.