Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutant Melee — це 3D файтинг, заснований на мультсеріалі 2003 року. Бойова система подібна до попередніх ігор, заснованих на цій серії, але на відміну від них, це змагання проти файтингу. Це не традиційний боєць один на один, а гра для чотирьох гравців на арені - дещо схожа на Power Stone.
Є два режими гри. Існує пригодницький режим для одного гравця, в якому ви повинні провести одного з десяти персонажів (включаючи шість розблокованих) через серію з 100 боїв, у яких ви повинні або бити ворогів, або, в деяких випадках, ухилятися від бомб за певну кількість час. Завершення цих частин відкриває додаткові персонажі, бонусні персонажі та етапи для режиму ближнього бою.
Режим ближнього бою - це багатокористувацька частина. Він має десять основних і дванадцять персонажів, які можна розблокувати, а також дев'ять основних і п'ятнадцять етапів, які можна розблокувати. Є чотири типи ігор, які відображають популярні типи шутерів від першої особи. Існує режим дезматчі на нокаут, де мета — набрати якомога більше КО. (Гравці відроджуються після нокауту.) Існує також режим Last Man Standing, де мета полягає в тому, щоб бути єдиним гравцем, який залишився, коли інші були нокаутовані, королем гори, де ви повинні стояти на сяючому ділянці землі та захищати його від інших гравців, а також режим «Утримуйся», де ви повинні тримати скриню зі скарбами та уникати інших гравців, які намагаються побити вас і забрати його.