У грі Pandora Tomorrow ви знову граєте роль Сема Фішера разом зі старими друзями Ірвінгом Ламбертом та Анною Грімсдоттір.
У терориста є хвороба, яку він планує поширити Сполученими Штатами. Він щодня дзвонить телефоном у невідоме місце, відкладаючи поширення хвороби ще на один день. Як Фішер, ви повинні з'ясувати, хто цей терорист, де він знаходиться, на кого він працює, і найголовніше, зупинити його.
Щоб зробити це, ви вирушаєте у подорож по всьому світу – від Парижа до Індонезії та святої землі Єрусалиму. Сем оснащений своїм стандартним пістолетом та SC-20K. СК було покращено, до нього доданий приціл з двома рівнями збільшення. Вам доступне все спорядження з першої гри.
Сем також освоїв кілька нових прийомів. Він може виконувати поворот SWAT, який дозволяє йому непомітно пройти з одного боку відчинених дверей на іншу. Він може робити напівспліт-стрибок, що дозволяє йому притулитися до одного боку стіни, щоб отримати поштовх для вищого стрибка. Він також може свистіти, щоб привернути увагу ворогів, які знаходяться поблизу.
У Pandora Tomorrow також є повноцінна розрахована на багато користувачів гра, в яку можна грати в Xbox Live. Розрахована на багато користувачів гра пов'язана з однокористувацької кампанією, і в ній команда Shadownet (шпигуни) бореться з командою Argus (найманці). Гра підтримує чотирьох гравців.
Члени Shadownet повинні проникнути в різні комплекси, щоб дістати каністри зі смертоносною рідиною, але при цьому вони повинні стежити за камерами, датчиками руху та колійними лазерами, які попереджають найманців про їхнє розташування. Шпигун не може вбивати зі зброї, але він може приголомшити найманців на кілька секунд, щоб підкрастися і вбити зі спини.
З іншого боку найманці повинні пробиратися до кожної каністри, охороняючи її від команди Шедунета. При спрацьовуванні сигналізації найманець миттєво отримує сигнал про те, де знаходиться шпигун. Щоб допомогти в боротьбі з шадоунетами, найманці оснащені вбудованим датчиком руху, який фіксує будь-які об'єкти, що рухаються, а також електромагнітним датчиком, який фіксує шпигунські гаджети. Найманці оснащені гвинтівкою та повинні захищати вірусні каністри за будь-яку ціну.