Хлопчик на ім'я Лінк виріс у селі ельфоподібного народу кокірі. Одного разу фея на ім'я Наві знайомить його з хранителем села - Великим деревом Деку. Виявилося, що дерево прокляла таємнича людина, і Лінка відправляють у замок Хайрул, щоб з'ясувати подробиці. Принцеса Зельда розповідає Лінку, що Ганондорф, вождь племені герудо, прагне роздобути Тріфорс - священну реліквію, яка дарує величезну силу тому, хто нею володіє. Лінк повинен зробити все можливе, щоб роздобути Тріфорс раніше Ганондорфа і врятувати Хайрул.
Рятівник Хайрула
Ocarina of Time - перша тривимірна частина серії Legend of Zelda. Як і більшість її попередниць, це екшен з елементами головоломки та легкої рольової гри. Геймплей схожий на попередні ігри, дозволяючи Лінку досліджувати світ і проходити підземелля, щоб отримати ключові предмети та просунутися сюжетом. У цій частині повертається бій на мечах, а також багато знайомих предметів, як-от бумеранг, бомби, валюта серії (рупії) різної вартості, контейнери із серцями та їхні колекційні фрагменти, які постійно збільшують здоров'я Лінка, тощо. Лінк тепер може нападати на ворогів у ближньому і дальньому бою, активно використовувати щит для відбиття снарядів, а також застосовувати різні магічні предмети. Дослідження підземель більшою мірою орієнтоване на головоломки, ніж у попередніх іграх. Лінк може підійматися на певні поверхні, пірнати під воду, а також автоматично стрибати.
Окарина часу
Гра починається з того, що гравець керує дитиною Лінком, але пізніше дорослий Лінк теж стає іграбельним персонажем. Кожен з них має певні унікальні здібності: наприклад, тільки дорослий Лінк може використовувати лук і стріли, а тільки дитина Лінк може проповзати через вузькі простори. Під час гри гравець отримує Окарину часу. Вивчення і виконання мелодій на цій окарині необхідне для просування сюжетом, виконання деяких побічних завдань або подорожей у часі, перемикаючись між двома версіями Лінка. Також можна подружитися з конем на ім'я Епона та осідлати його, щоб полегшити подорож між областями.