DS-версія про Героїв Ліги Справедливості, хоч і не слідує сюжету своїх консольних побратимів, має схожу передумову, де ви граєте за члена титульної команди супер-героїв і подорожуєте по ряду локацій, де безчинствують полчища ворогів.
Гра ведеться з видом навколишнього середовища зверху вниз на нижньому екрані і картою зверху. На карті відображається місце розташування вашого наступного контрольного пункту і позиції ворогів разом зі статусом ваших персонажів. Нижній екран, крім дії, має різні функціональні іконки, які можна активувати за допомогою стилуса.
У грі близько десятка місій, розбитих приблизно на сорок розділів. Перед кожною необхідно вибрати двох героїв з лінійки Супермена, Бетмена, Диво-жінки і Флеша. Кожен з них володіє звичайними атаками ближнього бою, сильними атаками ближнього бою, дальньою атакою і унікальним суперсиловим прийомом. Вони повинні використовувати ці здібності, щоб перемогти безліч ворогів і перейти до наступної контрольної точки, виконуючи по дорозі такі завдання, як перемикання і збір предметів. Ви можете в будь-який момент поміняти місцями двох героїв, натиснувши на іконку на екрані. Інша іконка дозволяє викликати героя, керованого штучним інтелектом, для короткої підтримки. На вибір є шість таких героїв: Марсіанський мисливець, Затанна, Зелений Ліхтар, Аквамен, Зелена Стріла та Мисливиця. Кожен з них володіє унікальними здібностями, заснованими на їх силах.