На острові Воя Нуї злісні піраки викрали шість масок стихій Тоа. Вам належить дослідити храми острова, повернути маски і перемогти Піраку і їх поплічників.
Bionicle Heroes DS - класичний шутер від першої особи. У ролі безіменного Маторана ви пройдете 25 тематичних рівнів (включаючи джунглі, лавові світи, стародавні підземні храми), відкриваючи для себе нову зброю і нових ворогів-роботів, яких потрібно рознести в пух і прах. По дорозі ви будете використовувати здібності масок, щоб вижити у ворожому середовищі, а також збирати шестерні та деталі роботів, щоб вирішувати прості головоломки, збираючи пандуси, мости та дверні прорізи у стилі LEGO.
Рівні в грі населені великою кількістю візуальних різноманітних лиходіїв, натхненних Біоніклом, включаючи тих, що трансформуються, літають, котяться або атакують вас скорпіоноподібними жалами. На щастя, ви зможете модернізувати свою зброю і знищувати їх плазмовими вибухами, блискавками і снайперськими лазерами.
Гра також містить потужний локальний багатокористувацький режим, який дозволяє до 4 гравців змагатися в смертельних поєдинках на аренах, навантажених оновленнями зброї та масок.