Super Mario Maker для Nintendo 3DS - це порт гри Super Mario Maker для Wii U, що дає змогу гравцям створювати та грати у власні рівні платформної гри Mario, а також проходити багато інших, раніше створених.
Найбільш радикальна відмінність цієї гри від оригіналу полягає в тому, що версія для 3DS не дає змоги гравцям завантажувати створені ними рівні в Інтернет. Однак гравці можуть ділитися своїми курсами один з одним через StreetPass або Local Play.
У комплект гри входить 100 ексклюзивних курсів, яких немає у версії для Wii U. Ці курси мають різні цілі (наприклад, зібрати всі монети на рівні), по завершенні яких гравець отримує медалі.
Майже всі інші аспекти гри залишилися такими ж, як і в Wii U, за винятком кількох деталей, таких як відсутність деяких дрібних елементів (наприклад, великих грибів і міні-ігри Gnat Attack).
Незважаючи на те, що це гра для 3DS, у ній немає стереоскопічного 3D.