Наруто: Узумакі Хроніки 2 - це продовження Наруто: Хроніки Узумакі і заснований на мультсеріалі Наруто. П’ять Великих Націй піддаються дії армії живих ляльок під назвою «Лялькоходи», які нападають на села та отримують «кулі духу». Наруто Узумакі та його друзі повинні перешкодити Лялькоходам та отримати останні з п'яти кульок Духа.
Грявцям в ролі молодого ніндзя Ізумакі Наруто належить врятувати своє рідне село Коноха від небезпеки. По ходу гри герой буде навчатися навичкам ніндзя, виконувати завдання наставників і боротися з опонентами. Головний герой не тільки вивчає нові прийоми, але і освоює роботу з різними видами зброї - від сюрікенів до ножів і мечів. У Uzumaki Chronicles гравці зустрінуться зі знайомими по серіалу і коміксами персонажами - Недзі, Какаші і Саске.
На відміну від свого попередника, Naruto: Uzumaki Chronicles 2 не заснований на місіях. Однак грається подібним чином. Режим протистояння та режим місії мають багато можливостей для повторного проходження, незважаючи на те, що Uzumaki Chronicles 2 є коротшою грою.