Прокинувшись у медичному закладі суворого режиму, не пам'ятаючи, як він туди потрапив, пам'ять Джона Ваттіка повільно повертається через серію відтворюваних флешбеків до його днів, коли він був цивільним радником військової операції в Сибіру. У минулому він працював з групою солдатів, відомою як WinterICE, намагаючись знайти літнього вченого, який проводив дослідження екстрасенсорних здібностей. У сьогоденні Джон намагається зібрати докупи те, що він пам'ятає, і знайти членів WinterICE в надії, що він зможе очистити своє ім'я, з'ясувати, що насправді сталося, і дізнатися, як він сам отримав екстрасенсорні здібності.
Second Sight - це 3D-шутер з елементами стелсу. Гравець керує Джоном здебільшого від третьої особи, хоча за певних обставин можна переключитися на вид від першої особи. У процесі гри гравець може використовувати телекінез, зцілення, чарівність, проекцію та одержимість, два види психічної атаки, а також різноманітну зброю. Більшість ситуацій можна вирішити за допомогою скритності, бездумного насильства або екстрасенсорних здібностей, або їх комбінації.