У цьому вдосконаленому ремейку Pokémon Sapphire Version гравці подорожують по регіону Хоенн, щоб стати Майстром покемонів. Як і в оригіналі, мета полягає в тому, щоб кинути виклик восьми покемон-спортзалам Ліги Хоенн і заробити значки від їх лідерів, а потім взяти на себе Елітну четвірку і Чемпіона. Однак світ опиняється під загрозою, коли лиходійська команда Аква намагається розширити континенти, воскресивши стародавнього легендарного покемона Кьогре.
Крім технічних оновлень, гра кардинально змінена в деяких аспектах. Покедекс Хоенна змінений, щоб додати еволюційних родичів покемонів з його початкового втілення. Деякі записи в Покедексі також змінені. Мега-еволюція відіграє важливу роль в сюжетній лінії, і введена нова зміна форми у вигляді Первісної реверсії, ексклюзивна для Грудона і Кьогре. Деякі персонажі зазнали серйозних переробок з точки зору зовнішнього вигляду. Замість того, щоб блукати по Хоенну після перемоги над Чемпіоном, як в оригіналі, Латіас автоматично приєднується до партії гравця після виклику гравцем Південного острова. Латіас може використовуватися для польоту по небу Хоенна, переносячи гравця в місця, відомі як Міражні плями, в які неможливо дістатися іншим способом. Змагання покемонів повертаються під назвою "Змагання видовищні" і мають деякі нові механіки, в той час як основний формат багато в чому залишився колишнім.