Mario Party: The Top 100 містить 100 міні-ігор, які раніше були представлені в попередніх іграх серії Mario Party, всі вони взяті з ігор для домашньої консолі. Більшість міні-ігор були візуально оновлені порівняно з оригіналами. Кілька міні-ігор, що з'явилися в іграх Mario Party для Wii, були перероблені для правильного функціонування на Nintendo 3DS, де відсутнє управління рухами Wii.
У грі є кілька режимів гри; у Minigame Match гравці по черзі переміщаються по одному ігровому полю, мета - зібрати найбільшу кількість монет і зірок, як у попередніх іграх Mario Party. Острів міні-ігор складається з проходження заздалегідь обраних міні-ігор для просування лінійним шляхом.
У грі також є режим вільної гри, в якому гравець може обирати, в які міні-ігри грати. 41 зі 100 міні-ігор гри мають бути розблоковані, якщо спочатку пройти Minigame Island. Гра підтримує багатокористувацьку гру для чотирьох гравців, або за допомогою окремих копій гри, або через завантажувану гру на 3DS, при цьому тільки один гравець повинен мати копію гри.