Far Cry 3 - это шутер от первого лица с открытым миром, действие которого происходит на вымышленном архипелаге Рук в Тихом океане. Несмотря на то, что тропический сеттинг напоминает оригинальный Far Cry, сам игровой процесс ближе к Far Cry 2, поскольку исследование открытого мира дополнено ролевыми элементами с очками опыта, ремеслом, торговлей, охотой и тремя деревьями навыков.
Главный герой - Джейсон Броди, сорвиголова, который вместе со своими двумя братьями и друзьями проводит отпуск в Тихом океане. Во время прыжка с парашютом они попадают на остров, который контролируют пираты. Все они попадают в плен к пиратскому военачальнику Ваасу, а его старший брат Грант погибает при попытке к бегству. Ваас с сарказмом дает Джейсону 30 секунд на побег, прежде чем выследить его. Вопреки всему Джейсону удается прыгнуть в воду. Его спасает Деннис Роджерс, который знакомит его с ракиатами - местным племенем, надеющимся избавить остров от пиратов. Во время поисков оставшихся в живых людей Джейсон будет посвящен в мистику племени, изучит окружающую среду и выследит Вааса. Однако после вступления игрок волен оставить основной квест и исследовать острова в своем темпе и свободное время, поскольку вся игровая зона доступна сразу же.
Архипелаг Ладья - это опасная среда, наполненная пиратскими поселениями и местными животными, такими как тигры, медведи, акулы, драконы комодо, кабаны, козлы, змеи, бешеные собаки и т.д.. Она разделена на различные секции, которые раскрываются постепенно, как только в секторе будет захвачена радиовышка. Они показывают все окружение и открывают квесты, но участки можно пройти и без подробной карты. В игре есть различные убежища, по которым можно путешествовать и обменивать добычу в универсальных торговых автоматах. Игроки могут убивать пиратов, выполнять квесты, а также собирать растения и охотиться на животных ради их шкуры. Деньги обмениваются на оружие, модификации и такие предметы, как шприцы, но ремесло также играет важную роль. Открыв рецепты, можно превратить растения в жидкости, которые вводятся для усиления способностей. Кроме того, шкуры животных используются для изготовления предметов, которые расширяют оружейный пояс Джейсона до четырех слотов, предоставляют больший кошелек для хранения денег, увеличивают пояс с боеприпасами и многое другое. Выполнение заданий и убийство пиратов вознаграждается очками навыков, которые используются на одном из трех доступных деревьев навыков. Они определяют стиль игры: Цапля занимается мобильностью и дальними атаками, Паук - скрытностью и выживанием, а Акула - нападением и лечением. За каждый приобретенный навык Джейсон получает татуировку на руку.
Несмотря на то, что это шутер с пулеметами, автоматами, ручным оружием, луками, огнеметами, минами, РПГ и гранатами, почти всю игру можно пройти в скрытном режиме. Джейсон может приседать и прятаться в листве, чтобы оставаться незамеченным. Счетчик показывает, насколько он заметен для противников. Подкравшись к ним, можно провести скрытный захват с помощью ножа и утащить тела. Он также может бросать камни или использовать звуки, чтобы изолировать пиратов. Его камера используется для приближения и обозначения противников. После того как они помечены, они остаются видимыми через контур, даже если на пути стоят стены или предметы, что помогает отслеживать передвижение. То же самое можно сделать и с животными. Передвигаться можно пешком, но есть и различные транспортные средства, такие как автомобили, джипы, квадроциклы, лодки, гидроциклы и парапланы, а также зип-линии и плавание для более быстрого передвижения.