27 ноября 2006 года отряд морских котиков США в составе Кахуны, Бумера, Спектра и Шута отправляется на нейтрализацию зарождающейся террористической угрозы. Новая группа, называющая себя "Железное братство" и состоящая из бывших оперативников Спецназа, использует баржу в качестве базы для покупки и транспортировки оружия. Они заключают сделки с известной организацией "Земи", работающей на черном рынке, и встречаются в международных водах у побережья Аляски. Команде предстоит уничтожить террористов, собрать разведданные и уничтожить грузовое судно. С помощью разведданных, собранных "морскими котиками", SOCOM удается обнаружить штаб-квартиру Братства - город-призрак на Аляске. Перед командой поставлена задача обеспечить безопасность комплекса, уничтожить все имеющиеся там тайники с оружием и задержать террориста по имени Коля Петренко, кодовое имя Pincushion. Информация, полученная от Пинкушиона, показала, что Братство взяло под контроль нефтяную платформу в море Бофорта на Аляске. Большинство нефтяников были убиты, но некоторые находятся в плену у террористов. Братство также угрожает уничтожить платформу, что приведет к катастрофическому разливу нефти. Морские котики" отправляются на платформу, чтобы проникнуть туда и нейтрализовать все угрозы, включая лидера "Братства" Станислава под кодовым именем Спектр. Им удается уничтожить всех террористов и обезвредить все бомбы на борту.
Игрок руководит командой из четырех человек (три человека управляются искусственным интеллектом), состоящей из морских котиков США, выполняя 12 миссий в четырех регионах: Аляска, Таиланд, Конго и Туркменистан в будущем 2006 и 2007 годах. В одиночных миссиях команды можно произносить с помощью прилагаемой USB-гарнитуры или через экранное меню, если не была приобретена дополнительная гарнитура SOCOM. Типичные миссии состоят из убийства террористов, спасения заложников, получения разведданных или уничтожения баз террористов.
Кодовое имя персонажа игрока - Kahuna, а кодовые имена NPC - Boomer, Spectre и Jester. Команда делится на две подгруппы, Альфа и Браво. Группа "Альфа" состоит из игрока и Бумера (элемент "Способный"), а остальные двое составляют "Браво". Команды могут отдаваться как отдельным людям, так и всей группе, например, можно попросить команду "Браво" оставаться неподвижными, пока игрок разведывает местность с Бумером. Однако игрок не может в одиночку пробираться по карте, когда Кахуна слишком далеко от Бумера, он автоматически возобновит следование за игроком, независимо от предыдущих приказов. Перед каждой миссией проводятся брифинги и предоставляются разведданные, такие как карты и фотографии.