Pro Evolution Soccer 6 выходит на выставку сезона 2006/2007 с актуальным обменом клубными и национальными игроками. Некоторым новым клубам присвоили свои собственные имена (например, «Манчестер Юнайтед» вместо «Ман Рэд»), в то время как другие его потеряли (например, «Челси», который теперь снова является лондонским футбольным клубом). Однако, несмотря на названия, игроки правы: у «Челси» есть Баллак и Шевченко, у «Реала» теперь есть Ван Нистелрой, который был в «Манчестер Юнайтед», и так далее.
Управление осталось прежним, но ходы и стратегии менялись, как это обычно бывает от игры к игре. Фолы не такие легкие, как в предыдущей игре, но теперь игроки поворачиваются слишком медленно, если вы не знаете, как это делать правильно. Ходы намного более реалистичны, а вратари не ловят каждый мяч с легкостью, даже легкий иногда может проскользнуть мимо. При этом все это на шаг приближает к реальности, но теряет фактор реальности с некоторых других сторон. Камеры типичны для трансляций, вышек и птиц, а кубки, лига и высшая лига все еще включены.