Syndicate - это перезагрузка франшизы серии стратегий Bullfrog из девяностых. В отличие от оригинальных игр, в которых основное внимание уделялось тактическому управлению отрядом стрелков, эта версия представляет собой шутер от первого лица, действие которого происходит в той же вселенной, но без элементов стратегии.
Действие игры происходит в 2069 году в мире, которым правят синдикаты после изобретения имплантата нейронного чипа, который дает пользователям прямой доступ к инверсной сети без использования электронных устройств. Из-за этой технической революции мир был разделен на людей с чипами и без чипов, а последние отказываются и выступают против продвижения. Между различными синдикатами также существует напряженность из-за большого количества корпоративного шпионажа. Синдикаты борются с ним, используя биоинженерные агенты, усиленные чипами. Они защищают интеллект своего собственного синдиката и пытаются проникнуть в других. Игроки берут на себя командование Майлзом Кило, агентом синдиката Еврокорп. У него есть новый прототип чипа, и его отправляют на задание, чтобы проверить его способности. События этой первой миссии приводят в действие сюжетную линию до конца игры, наполненную шпионажем, предательством, жестокими убийствами и противодействием незащищенных гражданских лиц, которые считаются террористами.