Во время боя на одном из космических кораблей доктора Эггмана Соник попадает в гнусную ловушку! Эггман использует устройство для извлечения силы Изумрудов Хаоса и переворачивает ее, посылая взрыв на планету внизу, которая разбивает Землю на куски, пробуждая существо по имени Темная Гайя. Поскольку Соник больше не нужен ему, доктор Эггман быстро сбрасывает его и уже мертвые Изумруды Хаоса в космос, где он терпит крушение на Земле внизу.
Sonic Unleashed представляет собой комбинацию двух типов игр: в дневное время Соник ведет себя как обычно, с интенсивными уровнями, основанными на скорости, которые напоминают его оригинальные игры. Когда наступает ночь, Соник превращается в чудовищного, но мощного «Оборотня» с вытянутыми руками. На ночных этапах он должен пробиваться через трехмерную среду, кишащую миньонами Темной Гайи.