В Tropico 3 серия возвращается к своим корням, снова играя во временной период 1950-2000 годов. Будучи скорее ремейком, чем настоящим преемником, игра снова дает игроку полный контроль над банановой республикой в Карибском бассейне. Чтобы успешно дожить до конца своего президентского срока, Эль Президенте должен построить процветающую экономику и сделать так, чтобы его жители были довольны, а также США и СССР.
Большая часть города построена самим игроком, включая жилые дома и улицы. В то время как некоторые здания нуждаются в пространстве для выполнения своей работы (например, фермы), другие нуждаются в соединении с дорогой или не функционируют без электричества. Единственные здания, которые появляются автоматически, - это дома бедных людей. Чтобы построить свой город, игроку, конечно же, нужны деньги. Деньги зарабатываются несколькими способами. Каждый год игрок получает иностранную помощь от сверхдержав. Несколько раз в год проплывает танкер и увозит экспортные товары, такие как нефть (новый ресурс в Tropico 3) или бананы, что также приносит деньги. Еще один способ заработать деньги - сделать остров гостеприимным для туристов и обдирать их во время посещения. Наименьший доход игроку приносят его собственные люди, которые платят аренду, пользуются доступной развлекательной программой и т.д. Сколько все это стоит, определяет игрок. Он также отвечает за привлечение иностранных специалистов, если на его острове нет нужных специалистов, что, с другой стороны, приводит в ярость националистов на острове. Националисты - одна из многих групп людей, которых игрок должен сделать счастливыми, помимо каждого отдельного жителя.
Кроме того, каждый гражданин - это отдельная личность, со своими именами, отношениями с другими гражданами, желаниями и потребностями. Некоторые чувствуют необходимость преуспеть в учебе, другие ищут религиозного просвещения, третьи просто хотят хорошо провести время. Они даже принимают политические пристрастия и работают в этих целях. Граждане не следуют слепо приказам, их нужно убедить, удовлетворив их желания, или просто чистой жадностью или террором, то есть подкупив их или заключив с ними контракт. Последнее особенно полезно, чтобы держать мятежников на расстоянии, но если все не удается и мятежники нападают, армия игрока и он сам вступают в автоматическую битву, пока не останется только одна сторона. Игра закончится, если дворец будет взорван, игрок не будет переизбран или США/СССР решат, что Эль Президенте стал занозой в заднице. Кроме того, миссии в кампании содержат такие цели, как посещение острова 150 туристами.