За 10 000 лет до событий оригинальной игры начался период противостояния, известный как Войны Догмы. Это борьба между Империей Ишрения, которая использует силу рыцарей в попытке завоевать мир, и Королевством магов Атвани, которое пытается остановить их. Эти события определят дальнейшую историю саги White Knight Chronicles, и WKC: Origins рассказывает о невоспетых героях, которые пережили этот период смуты, но были забыты в анналах времени.
White Knight Chronicles: Origins записывает героя в Мобильный корпус - наемническую организацию, которая действует с помощью поездов. Отправившись в ничейные земли между Атуаном и Ишренией, игрок попадает в мир содрогающихся битв между громадными воинами.
По бескрайним равнинам, разделяющим двух заклятых врагов, мчится специальный паровоз, выполняющий роль центрального узла. Через него игрок получает доступ к заданиям, которые становятся доступными, и тратит заработанные очки благодати на новое снаряжение.
Когда верный поезд Мобильного корпуса прибывает в новое экзотическое место, игрок выбирает команду из трех опытных наемников, чтобы сопровождать их и отправиться в неизвестность. Игрок может добавлять к нему вагоны, чтобы освободить место для новых персонажей; кроме того, если у игроков есть White Knight Chronicles II на PlayStation 3, они могут передавать данные между двумя играми и получать специальные бонусы на борту поезда.