Помимо реального мира, существует параллельное измерение, называемое Завесой. Отдел паранормальных явлений Гиммлера знает о существовании Вуали и построил в Изенштадте несколько порталов для перемещения из реального мира в другой, что дает им преимущество в битве за Изенштадт. Однако для того, чтобы попасть в Завесу, необходим специальный медальон, иначе по возвращении в реальный мир нарушитель превратится в монстра. Кроме того, медальон наделяет своего владельца особыми способностями. Естественно, Управление секретных действий не может позволить нацистам получить доступ к таким способностям и посылает своего лучшего агента: Б. Я. Блазковича. Хотя ему удается украсть медальон, нацисты уже на грани того, чтобы искусственно создать такой медальон в лаборатории. Би Джей не может позволить им добиться успеха и вступает в борьбу.
Wolfenstein - это шутер от первого лица, который в основном состоит из того, что игрок прокладывает себе путь через полчища различных типов нацистов, начиная от обычных солдат и заканчивая ниндзя. Чтобы справиться с большим количеством врагов, игрок имеет доступ ко многим типичным видам оружия Второй мировой войны, таким как немецкий MP40 или винтовка K98. Кроме того, по ходу игры он находит медальон и приобретает четыре способности. Если поначалу "Вуаль" позволяет ему лишь лучше видеть врагов и использовать странных летающих существ в качестве бомб, то позже он сможет замедлять время, окружать себя защитным щитом или делать себя сильнее. Однако способности медальона истощают его энергию, которую необходимо пополнять в точках питания, почти невидимых в реальном мире.
После каждого задания игрок может свободно бродить по Изенштадту, разговаривать с NPC для получения новых заданий и посещать Черный рынок. На уровнях спрятаны разведывательные материалы и золото. Если разведданные дают дополнительные сведения о сюжете и его персонажах, то золото используется на Черном рынке для покупки нового оружия, боеприпасов и улучшений оружия, таких как глушители или более мощные обоймы. Собирая разведданные и золото, можно получить дополнительные улучшения.
В игре также есть многопользовательские режимы на основе классов, рассчитанные на двенадцать игроков. Доступны следующие классы: солдат, который сначала стреляет, а потом задает вопросы; инженер, который единственный может выполнить все задачи; и медик, который может лечить и воскрешать павших союзников. Доступные многопользовательские режимы - Team Deathmatch, Objective и Stopwatch. В режиме "Цель" Сопротивление должно уничтожить исследования и эксперименты Оси, а они должны помешать им. В режиме "Секундомер" цель та же, но подсчитывается время, которое требуется Сопротивлению, чтобы остановить Ось, а после окончания раунда команды меняются сторонами. Чтобы выиграть раунд, другая команда должна быть быстрее первой.