Хотя GoldenEye 007 является переосмыслением фильма, игра имеет заметные отличия. Уровни были изменены, чтобы отразить измененный сюжет игры. По словам Крейга Харриса из IGN, "GoldenEye сохраняет основы сюжета GoldenEye, но пересказывает его таким образом, чтобы это имело смысл в интерпретации Дэниела Крейга как Джеймса Бонда". Кроме того, в игре присутствуют современные игровые элементы, соответствующие другим современным шутерам от первого лица, такие как разрушаемое окружение, регенерация здоровья и сетевой мультиплеер.
Eurocom добавила несколько обновленных функций, сохранив при этом некоторые особенности оригинальной игры. Вместо часов игроки используют мобильный телефон, чтобы сканировать документы, делать фотографии и общаться с MI6. Это изменение отражает первоначальный отказ от высокотехнологичных гаджетов в фильмах о Крейге. В оригинальной GoldenEye 007 было чит-меню, которое в переделанной игре доступно с самого начала. В игре обновлена система искусственного интеллекта ботов, созданная на основе предыдущей игры компании Eurocom, Dead Space: Extraction. Каждый компьютерный игрок обладает собственной системой ИИ-ботов, что делает их динамичными и сложными.