TMNT снова возвращаются, чтобы сразиться со Шреддером. Игра имеет тот же внешний вид и схему управления, что и предыдущие две игры. Также, как и предыдущая игра, это экшен в стиле beat-em up.
В игру можно играть с 3 друзьями. В игре есть несколько различных миссий, в которых черепашки сражаются с Трицератонами, чтобы найти пропавшего Фугитоида и предотвратить их осаду Земли. Одновременно на экране могут находиться все 4 черепахи. Вместе с другими черепахами вы можете совершать групповые атаки, чтобы атаковать цель и выполнять специальные приемы. Кроме того, в игре есть режим максимальной черепахи, в котором ваша черепаха становится временно неуязвимой и может легко уничтожить множество врагов.
Собирая специальные предметы, например кристаллы, вы можете улучшать своих черепах, давая им новые приемы и специальные движения.