Вернувшись из отпуска, который Соник взял после того, как сорвал планы доктора Роботника, он обнаруживает, что Хвост и все остальные его друзья-животные пропали. Соник находит письмо, которое его ждет и которое гласит:
"Дорогой Соник,
Роботник вернулся, и он захватил всех животных на острове! Меня он держит в месте под названием Кристальное яйцо. Чтобы освободить меня, ты должен найти и принести шесть Изумрудов Хаоса.
Роботник заставил меня написать это. Он говорит, что ждет тебя и создал шесть очень мерзких роботов, чтобы "избавиться от тебя раз и навсегда". Я не знаю, что он задумал, но Соник, пожалуйста, будь осторожен!
Искренне, Хвост".
Это более чем достаточная мотивация для него, Соник мчится, чтобы снова победить Роботника.
Версия для Master System полностью отличается от Sonic 2 для Genesis. Хвост, очевидно, не сопровождает вас, как это было в версии для Genesis. Соник также не может сделать свой печально известный кувырок, просто пригнувшись и нажав прыжок.