По аналогии с сюжетом фильма, игра начинается на ферме. Реми вместе со своим братом Эмилем отправляется за яблочными сердцевинами для своего отца Джанго. В дороге его обучают основным навыкам, которые ему понадобятся, чтобы он мог справиться с тем, с чем ему придется столкнуться в дальнейшем. После урока Реми и Эмиль берут книгу Guesteu Chef, чтобы Реми мог ее прочитать. Они вытаскивают книгу из окна, в результате чего оно захлопывается, разбудив старушку, которая стреляет в колонию из ружья. Реми убегает с книгой, а колония спасается на самодельных лодках. В итоге Реми сворачивает в канализацию и теряет свою семью.
Из книги появляется образное видение Гостье и говорит Реми, что он может вернуть одну из своих потерянных звезд после плохого отзыва Антона Эго. Реми соглашается, путешествует по улицам Парижа и попадает в ресторан. Однако Реми падает из окна и попадает в раковину. Реми пытается сбежать, но его отвлекает дурно пахнущий суп, который был загрязнен новым мусорщиком Лингвини.
Реми готовит суп намного лучше и почти сбегает по кухонной трубе, которая в итоге оказывается в канализации. Реми встречается с Джанго и Эмилем и рассказывает им, что они с другими крысами собираются воровать собачьи объедки в ресторане. План успешно срабатывает, но в результате Лингвини гонится за Реми, когда видит, что остальные крысы уходят. Лингвини врезается в несколько мусорных баков, и они договариваются, что Реми будет помогать Лингвини на кухне. Затем Реми уходит по другой трубе и снова встречается со своим отцом.