Это прямое продолжение игры Patapon. Крошечные воины-глазастики возвращаются в поисках "IT" в Эартхенд. Чтобы помочь им в различных испытаниях, игрок снова берет на себя роль "Могучего" или "Могучего Патапона", который ведет их, играя на священных барабанах Пата, Пон, Чака и Дон, следуя ритму игры. Различные комбинации означают различные приказы, которые выполняют Патапоны.
Сама игра представляет собой последовательность уровней, доступных из Патаполиса, большинство из которых повторяются, но сложность с каждым разом возрастает.
Патапонам теперь помогает герой-патапон, который может быть любым из доступных в игре видов патапонов, если они разблокированы. Герой имеет те же показатели, что и другие патапоны, но может иметь различные атрибуты, в зависимости от того, какая маска на нем надета. У него также есть различные специальные способности, соответствующие типу Патапона, которому он соответствует.
Новые мини-игры и различные возможности добавлены к тем, что были взяты из первой игры, также есть дерево эволюции, в котором каждый Патапон может менять свой внешний вид, повышать уровень и приобретать различные свойства.
Теперь несколько игроков могут играть вместе через святилище Патагейт, используя своего уникального Патапона-героя для победы над гигантскими боссами и разрушения вражеских крепостей. За это можно получить такие сокровища, как новые маски для героя, комупоны (NPC-герои Патапона), различные материалы и оборудование.