Деревня Скрытого Листа находится в беде после того, как летающая крепость спускается над деревней и начинает истощать жителей деревни их жизненной силы. Вместе со своими друзьями Наруто проникает в замок в поисках того, кто стоит за прибытием фантомной крепости, во время которого его мучают видения женщины в маске, которая ведет месть против Ниндзя Листа.
В крепости более сотни этажей, на которых вам предстоит сражаться, а также есть головоломки, которые вам предстоит решить. Вам также будут помогать 20 персонажей из аниме-сериала, у каждого из которых есть свои особые приемы и комбо.
С точки зрения игрового процесса, The Phantom Fortress - это 2D-драка о ниндзя. У вас есть доступ к особым ходам. Сколько из них вы можете использовать, зависит от шкалы вашей чакры. Phantom Fortress также предлагает шесть специальных многопользовательских режимов, которые включают игры 1 на 1 и 1 на 2, в которые вы можете играть с другими пользователями PSP.