2016 год. Самолет захвачен неизвестными террористами. На борту самолета находится сенатор Хач, видный политик США, который может стать следующим президентом страны. В обмен на сенатора террорист хочет что-то от правительства США. Вы не знаете, что это такое, но оно носит кодовое имя "Пифагор". Поскольку передать его террористу правительство не планирует, оно отправляет вас, известного специального агента Солида Снейка, спасти сенатора и выяснить, кто на самом деле стоит за угоном.
Действие Metal Gear Acid происходит в знакомой вселенной Metal Gear и графически напоминает игры этой серии для PS2, но ее игровой процесс сильно отличается от других игр. Metal Gear Acid сочетает в себе традиционный стелс-геймплей со стратегией. Это пошаговая игра, в которой вы планируете свои ходы, выбирая игральные карты, доступные в вашей колоде карт. Каждая карта представляет собой действие: атака, движение и т. д. Вы должны тщательно планировать свои действия, чтобы оставаться незамеченными, а также заранее планировать, какие карты вы хотите оставить в следующем раунде, а какими вы готовы пожертвовать, чтобы совершить эффективный ход немедленно.