Давным-давно после восстания разработки Марса, новая группа захватила Red Faction, и их внимание обращено на диктатора, канцлера Сопота. Сопот первоначально создал солдат Красной фракции, используя форму нанотехнологий, но, опасаясь, что они будут сопротивляться, приказал их уничтожить.
Ваша задача как лидера группы - вернуть утраченную свободу и спасти свою шкуру и шкуру тех, кто с вами работает.