Основанная на движке Mortal Kombat: Deadly Alliance, игрокам вновь предстоит сражаться, чтобы остановить новую угрозу в шестой части серии файтингов. Вернулись стандартные режимы Arcade, Versus и Practice, а также новые предметы, которые можно найти в Крипте. Кроме того, появились новые режимы Konquest Adventure, Chess Kombat и Puzzle Kombat, дающие игроку новые мини-игры.
В начале игры можно выбрать десяток бойцов Mortal Kombat, среди которых есть как старые любимцы, так и загадочные новички. Давние поклонники серии узнают ветеранов самых ранних игр Mortal Kombat, таких как Sub-Zero и Scorpion, Kabal, Baraka, Mileena, Ermac и Nightwolf, к которым присоединяются относительные новички, такие как Bo'Rai Cho, дебютировавший в Deadly Alliance. В игре также представлены девять новых бойцов: Ашра, Дайру, Дарриус, Хавик, Хотару, Кира, Шуджинко, Онага и Кобра, каждый из которых обладает совершенно новым стилем боя, призванным уравновесить смертоносные способности других персонажей.
Версии для Playstation 2 и Xbox предлагают соревновательную игру по сети против других игроков. Версия для Gamecube не включает сетевую игру, но предлагает Горо и Шао Кана в качестве эксклюзивных играбельных персонажей.