Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutant Melee — это 3D-файтинг, основанный на мультсериале 2003 года. Боевая система похожа на более ранние игры, основанные на этой серии, но, в отличие от них, это соревновательная игра против файтинга. Это не традиционный бой один на один, а игра на арене для четырех игроков — что-то вроде Power Stone.
Есть два режима игры. Существует однопользовательский приключенческий режим, в котором вы должны провести одного из десяти персонажей (включая шесть разблокируемых) через серию из 100 боев, в которых вы либо побеждаете врагов, либо, в некоторых случаях, уклоняетесь от бомб за определенное количество время. Завершение этих частей открывает дополнительных персонажей, бонусных персонажей и этапы для режима ближнего боя.
Режим ближнего боя — это многопользовательская часть. В нем десять основных и двенадцать разблокируемых персонажей, а также девять основных и пятнадцать разблокируемых этапов. Существует четыре типа игр, которые отражают популярные типы шутеров от первого лица. Существует режим нокаута в стиле deathmatchesque, где цель состоит в том, чтобы набрать как можно больше нокаутов. (Игроки возрождаются после того, как их нокаутируют.) Существует также режим «Последний выживший», где цель состоит в том, чтобы остаться единственным игроком, оставшимся после того, как другие будут нокаутированы, Царем горы, где вы должны стоять на светящемся участке земли и защищать его от других игроков и режим «Не подходить», где вы должны держать сундук с сокровищами и избегать других игроков, которые пытаются избить вас и забрать его.