Вот уже двадцать лет Аттера подвергается нападению монстров, порождаемых аномалиями, называемыми Сумеречными кругами. Для борьбы с этими чудовищами собирают людей с клеймом Звездного Бога, называемых Учениками, и обучают их в школе в Форт-Сити. Считается, что Сумеречные круги появляются из-за желаний человечества. Известно, что существует восемь таких кругов, образующих Лабиринт Пандоры: первоначальный, который до сих пор не действует, и по одному для каждого из семи смертных грехов. Ученики, сформированные в Академии, являются первой линией обороны против монстров, но они не могут войти в лабиринт, так как энергия внутри обнуляет их Звездную Силу.
Игрок берет на себя роль нового Ученика мужского пола, имя которого можно ввести вручную или выбрать наугад. В день прибытия в Академию он встречается с двумя другими новичками, Фууко и Хлотцем, которых он спасает от бродячего монстра. После прибытия в Академию им присваивают ранг, чтобы узнать, являются ли они обычными Учениками или элитой, и измеряют количество Эфира. Все трое оказываются элитными, а Фууко даже получает ранг S, самый высокий из возможных. Главный герой имеет ранг A, но количество Эфира у него зашкаливает. Такое большое количество Эфира (в десятки раз больше среднего) делает его особым Учеником, называемым Божьим Даром. Это позволит ему создать Эфирное поле, которое позволит ему войти в Сумеречные круги и даст возможность другим Ученикам сопровождать его и использовать внутри Звездную энергию.
Как и ее предшественница, Conception II разделена на две части: город и академия, а также подземелья. Игрок перемещается в различные районы города, выбирая их в списке. Каждый район имеет свое назначение: в общежитии игрок редактирует партию и управляет сохраненными данными, в церкви создаются новые юниты, а в академии происходит большинство событий. Чтобы создать Звездных детей, герой должен совершить ритуал, известный как соитие с одной из семи героинь. Для этого требуется ВР, который набирается в событиях, связанных с привязкой, и при выполнении определенных условий в бою. Когда Эфир героя и Звездная энергия героини соединяются внутри устройства, называемого матрёшкой (матрёшки с различными эффектами приобретаются по мере прохождения игры), рождаются Звездные дети различных классов. Каждый Звездный ребенок - мужчина или женщина - обладает собственными способностями. На силу и максимальный уровень Звездного ребенка влияет связь (настроение и близость) героя с выбранной героиней. Эта связь, отображаемая смайликом, который выглядит счастливее или злее в зависимости от текущего настроения девушки, меняется в ходе событий в Академии, в которых игрок выбирает различные диалоги, влияющие на его отношения с девушками. Некоторые из этих событий используют сенсорный экран. Одновременно можно играть только в три связующих события, но количество оставшихся событий, показанное тремя сердечками в левом верхнем углу, пополняется по прошествии времени путем исследования лабиринта или отдыха в общежитии. Обычно сюжет развивается только тогда, когда в Академии выбран соответствующий значок, но для получения этого значка могут потребоваться некоторые события.
В подземельях игрок исследует рандомизированный лабиринт с партией до четырех отрядов: герой и одна из героинь составляют основной отряд, их могут сопровождать три группы по три Звездных ребенка. Враги отображаются значками, которые меняются в зависимости от силы противника; самых слабых врагов можно победить без боя. В бою отряды действуют по очереди и располагаются либо впереди, либо позади, либо по одну из сторон противника. У каждого врага есть слабое место - направление, с которого наносится больше урона. Атаки из опасных мест (они обозначаются словом "Caution", когда враг собирается провести сильную атаку) заполняют калибр цепи; когда калибр заполняется достаточно, ход монстра задерживается. Еще один аспект сражений - уровень Эфира: в зависимости от того, какие действия выполняются, этот уровень повышается или понижается. Более высокий уровень Эфира означает, что партия будет сильнее. После прохождения лабиринта можно получить доступ к более сложной версии на тренировочной станции, а задания, например, победить определенных монстров или найти конкретный предмет, можно взять в лаборатории, чтобы завершить их при повторном посещении подземелий.