Таинственная инопланетная раса под названием Байдо начала войну с человечеством, и после того, как на территории Байдо волна за волной отбивались вражеские истребители, Земля отправила одинокого командира во главе небольшой армады в сердце империи Байдо, чтобы положить конец войне.
R-Type Command - это пошаговая стратегия, переделанная из шутера с боковой прокруткой, серии R-Type. В этой версии сохранился вид боковой прокрутки, но для перемещения используется гексагональная сетка. Игроки могут использовать более 100 боевых единиц, а также множество оружия, которое можно разблокировать и использовать против вражеских кораблей. После каждой миссии можно приобрести улучшения, оружие и корабли и использовать их в последующих миссиях.
Игроки сами выбирают, какую сетку они хотят атаковать и какой корабль и оружие использовать. В конце каждого уровня игроки будут участвовать в гигантских битвах с боссами, используя все имеющиеся в их распоряжении корабли и оружие. Игроки могут играть не только за земные силы, но и выбрать Bydo's в нападении на Землю. Кроме того, в игре есть возможность играть в режиме онлайн с помощью Ad-Hoc, позволяющего соперникам-людям сойтись в бою лицом к лицу.