Основной игровой процесс заключается в сборе предметов и победе над роботами, напавшими на различные районы Бикини Боттом, при этом необходимо преодолевать платформы и избегать опасностей, связанных с окружающей средой, таких как шипы и пламя. В некоторых областях необходимо победить разных персонажей, поскольку каждый из них обладает своими уникальными способностями. Игрок может управлять Губкой Бобом, Патриком и Сэнди. Для смены персонажей необходимо найти автобусную остановку, при использовании которой текущий персонаж переключается на другого, а при повторном использовании - на предыдущего, что дает игроку возможность иметь двух персонажей на каждом уровне. Персонажем по умолчанию в игре является Губка Боб; Сэнди и Патрик не участвуют в уровнях в качестве играбельных персонажей.
На протяжении всей игры игрок будет собирать блестящие предметы, носки и золотые шпатели. Блестящие предметы выпадают из рук врагов и разбросаны по уровню, их можно использовать для оплаты моллюсками, чтобы продвигаться по уровням и открывать дополнительные задания. Их также можно обменять у мистера Крабса на золотые шпатели. Носки находятся на уровнях в труднодоступных местах, и 10 из них можно обменять у Патрика на золотую лопаточку. Золотые лопаточки используются для открытия новых областей в игре, а 75 из них необходимы для сражения с финальным боссом.
Новым дополнением к ремейку является многопользовательский режим "Орда", в котором два игрока сталкиваются с волнами роботов-врагов. Режим включает в себя вырезанный контент из оригинальной игры, включая бой с роботом Сквидвардом, вырезанную версию сна Патрика и вырезанную фазу боя Робо-Спонж-Боба.