Игра Little Nightmares II похожа на свою предшественницу; ее действие происходит в 2,5D мире. Игрок должен исследовать мир, время от времени сталкиваясь с ситуациями, похожими на платформер, или оказываясь заблокированным головоломками, которые необходимо решить, чтобы пройти дальше. В отличие от первой игры, игрок не совсем беспомощен; у Моно есть возможность хватать определенные предметы и размахивать ими, чтобы ломать предметы или отбиваться от мелких врагов, хотя он, как и Сикс, должен полагаться на скрытность и окружающую среду, чтобы уклониться от более крупных врагов. Игрок также может окликнуть Сикс и взять ее за руку, чтобы убедиться, что они остаются вместе, и часто должен работать вместе с ней, чтобы решить головоломки окружающей среды, победить врагов или уклониться от них. В игре также есть коллекционные шляпы и глючащие останки, последние из которых разблокируют дополнительную сцену, если собрать их все.
Моно, мальчик с бумажным пакетом на голове, пробуждается от сна о двери с глазом в конце коридора. Он отправляется в путешествие по Дикой местности и попадает в ветхую хижину. Он освобождает Шестого, которого держит в плену Охотник в маске, живущий там. Охотник преследует пару, пока не загоняет их в угол, и они убивают его из дробовика. Используя дверь в качестве плота, Моно и Сикс переплывают водоем и оказываются в Бледном городе, окутанном туманом и дождем и усыпанном старыми телевизорами. На протяжении всего путешествия Моно пытается использовать эти телевизоры в качестве порталов, чтобы попасть в коридор из своего сна. Однако его всегда вытаскивает обратно Шесть, прежде чем он успевает добраться до двери. Он также встречает несколько призрачных, глючащих останков детей, которые он может поглотить, прикоснувшись к ним.