Biomutant - это ролевая игра с открытым миром и видом от третьего лица, в которой игрок управляет млекопитающим воином в мире, наполненном мутировавшими животными. Игроки сначала настраивают своего персонажа, включая длину, форму и толщину тела, мех, клыки и многие другие атрибуты, которые могут быть настроены, и все они оказывают прямое влияние на статистику персонажа во время игрового процесса. Более толстый персонаж тяжелее, что делает его медленнее, но, наоборот, позволяет ему наносить больше урона и сопротивляться ему. Боевая система сочетает в себе атаки ближнего боя и стрельбу на дальние дистанции. Игрок собирает детали по ходу игры и комбинирует их для создания оружия. Каждая деталь по-своему влияет на статистику конечного продукта.
В игре представлены различные аффиксы, в том числе криогенные и электрические, которые эффективны в сражениях. Если на оружие надета криогенная деталь, враги при попадании в них замораживаются. Игрок может комбинировать силу нескольких видов оружия, переключаясь между ними во время боя. Главный герой может уклоняться влево, вправо и назад, а также прыгать. Помимо повышения уровня игрового персонажа, игрок может использовать очки повышения уровня, чтобы усилить его атрибуты или открыть новые комбинации атак. Еще один способ изучить новые приемы - взаимодействие с конкретными персонажами в каждой области. Большинство приемов основаны на оружии, которое можно создать с помощью системы создания оружия.