Основной игровой процесс заключается в сборе предметов и победе над роботами, которые напали на различные районы Бикини Боттом, при этом необходимо преодолевать платформы и избегать опасностей, таких как шипы и пламя. В некоторых областях необходимо победить разных персонажей, поскольку каждый из них обладает своими уникальными способностями. Игрок может управлять Губкой Бобом, Патриком и Сэнди. Для переключения персонажей в консольных версиях требуется найти автобусную остановку, при использовании которой текущий персонаж переключается на другого, а при повторном использовании - на предыдущего, что дает игроку возможность иметь двух персонажей на каждом уровне. Персонажем по умолчанию в игре является Губка Боб; Сэнди и Патрик не участвуют в уровнях в качестве играбельных персонажей.
Игра представляет собой трехмерную платформенную игру, требующую от игроков сбора трех основных типов предметов. Блестящие предметы" являются игровой валютой и могут быть использованы для оплаты дорожных сборов в игровых зонах или для покупки золотых шпателей у мистера Крабса. Золотые шпатели" используются для получения доступа к новым областям, спрятаны по всей игре, а также могут быть заработаны путем выполнения заданий, поставленных Щупальцем Сквидвардом и некоторыми другими персонажами мультфильма. Носки Патрика также разбросаны по всей игре, и он наградит Губку Боба золотой лопаточкой в обмен на 10 его носков. Губка Боб также может надувать пузыри, образуя различные фигуры в качестве специальных атак/движений, которые могут быть использованы для дальнейшего продвижения в игре, и может научиться двум новым движениям с пузырями у Баббл Бадди по мере прохождения игры.