В 21 веке страшный вирус уничтожил миллионы людей. Вакцина была найдена, но в то время мир был погружен в хаос. Возник новый мировой порядок, разделивший мир на два разных, но зависимых друг от друга мира: Выше и Ниже.
Мир Свыше отражает хромированный город, высотный, высокотехнологичный мегаполис, обслуживаемый лифтами и надземными автострадами. Это место для трудолюбивых и законопослушных людей. В противоположность Выше, мир Ниже, который является результатом разрушений от землетрясения, представляет собой подземную сеть трудовых колоний. Тех, кого по тем или иным причинам не хотят видеть наверху, отправляют вниз.
Однажды, теперь уже ветеран охоты за головами, Джек Уэйд, получил вызов расследовать вторжение на верхние уровни. Столкнувшись с нарушительницей, Джек увидел в девушке потенциал, и вместо того, чтобы сдать ее в полицию, он дал ей второй шанс... стать его ученицей. Джек вернулся, но на этот раз он не один, а в сопровождении своей подруги Лизы Икс. Вместе им предстоит противостоять любой угрозе, таящейся в мире под землей.
Игровой процесс происходит с видом от третьего лица с возможностью поворота камеры или установки ее за спиной одним щелчком мыши. Главный аксессуар Headhunter - IRIS (Intelligent Realtime Information Scanner). Получив IRIS, вы сможете просканировать любой предмет, просто направив на него оружие, или использовать сканер с видом от первого лица, что позволит вам более детально изучить окружающую обстановку. Кроме того, IRIS предоставит вам полную информацию о 3D-карте, даже отображая врагов, чтобы вы могли избежать их или использовать скрытность, если это необходимо. Враги услышат, как вы бежите и стреляете, поэтому, если вы решите предпринять какие-либо действия, имейте в виду, что они окружат вас и нанесут командный удар по вам со всех сторон. Единственным эффективным средством против них, помимо оружия, конечно же, является возможность делать перекаты или прислоняться к стенам и стрелять из-за углов, хотя прицелиться самому может быть нелегко, так как рука не будет устойчивой во время движения или паники.