GoldenEye: Rogue Agent - это шутер от первого лица, проходящий восемь уровней. На протяжении всей игры игрок может использовать различные виды ручного оружия, а также "Золотой глаз", который обладает четырьмя способностями: МРТ-зрение, позволяющее игроку видеть сквозь стены; ЭМ-взлом, позволяющий игроку взламывать электронные системы, машины и оружие врагов; щит полярности, отражающий входящие пули; и магнитное поле, позволяющее игроку отправлять врагов в полет на смерть.
Каждая способность дается игроку по мере прохождения игры. Каждая способность требует определенного количества энергии, которое отображается на счетчике. После использования способности счетчик медленно пополняется. В игре есть различные виды оружия, которые можно собирать, позволяя игроку сражаться одним одноручным оружием, двумя такими оружиями или использовать мощное двуручное оружие. Свободная рука игрока также может быть использована для метания гранат или захвата заложников, используя их в качестве живого щита, чтобы затруднить врагам попадание в игрока.