6 июня 1944 года сержант Мэтт Бейкер участвует в первом прыжке, который происходит за несколько часов до высадки в Нормандии. Когда их самолет был подбит зенитным огнем, Бейкера выбрасывает из самолета, и он отделяется от своего отряда. После приземления Бейкеру удается перегруппироваться с 1-м сержантом Маком Хасси, радистом первого класса Леггеттом и подполковником Коулом. Сбившись с курса, Мак ведет Бейкера и Леггетта к уничтожению нескольких зенитных орудий Flak 38 с помощью взрывчатки. К утру большая часть отряда сумела найти друг друга, включая капрала Джозефа "Реда" Хартсока, которого Мак поручает Бейкеру разминировать важную дорогу, ведущую к Юта-Бич. Пробившись через немецкие линии, Бейкер и Хартсок соединяются с товарищами по отряду Алленом и Гарнеттом, и четверо десантников отражают контратаку с пляжа и добиваются успеха в обеспечении выхода 4-й пехотной дивизии.
В большинстве уровней Brothers in Arms игрок получает под командование одну или две отдельные команды по 1-3 человека, за исключением нескольких частей, в которых игрок не командует ни одним подразделением.
Кроме того, на некоторых уровнях вместо отряда игроку предоставляется танк, обеспечивающий мощную огневую мощь и мобильное прикрытие. Игрок может установить на танк пулемет M1919 Browning для дополнительного подавления.
Brothers in Arms отличается интуитивно понятной системой управления: командам и танкам можно приказывать двигаться, вести огонь на подавление, объединяться, искать укрытия и атаковать противника. В игре неоднократно подчеркивается эффективность тактики огня и маневра, известной как "четыре "Ф", которая использовалась военными во время Второй мировой войны. В учебнике игры "Найти, закрепить, обойти, добить" описаны шаги по подавлению и обходу противника.
Акцент на командовании командой, а не на индивидуальной меткости, подчеркивается тем, что игроку предоставляется возможность неточного прицеливания. Brothers in Arms моделирует оружие с нестабильной точностью, а вражеский огонь может мешать игроку прицелиться, чтобы имитировать эффект подавляющего огня. Относительная неточность призвана имитировать сложность поражения целей в боевой ситуации и заставить игрока использовать членов команды для поражения вражеских подразделений и обеспечения лучших тактических возможностей.