Игра Grey's Anatomy: The Video Game основана на телесериале Grey's Anatomy и в основном построена так же, как и сам сериал. История об инфекционном вирусе, который поражает больницу Сиэтл Грейс, разделена на пять эпизодов, эпизоды делятся на действия, а действия - на сцены. Каждая сцена сосредоточена на одном персонаже и завершается мини-игрой.
В основном есть два вида сцен. Во время разговоров игроку иногда приходится выбирать между двумя вариантами того, как персонажи взаимодействуют друг с другом. Затем следует мини-игра, например, разрывание фотографии, головоломка, ритмическая последовательность или головоломка с подбором плитки. Операции и лечение также представляют собой последовательные мини-игры, например, дезинфекция путем скольжения курсора по экрану, затем разрезание кожи путем проведения прямой линии и наложение швов путем соединения точек.