Действие Pokémon Silver происходит через 3 года после Red, Blue и Yellow и переносит пользователя в совершенно новый мир, Johto. Геймплей очень похож на предыдущие игры, но с некоторыми улучшениями. Среди них - новые функции для покегеров, покедекс, который теперь можно сортировать по типу эволюции, и, конечно же, новые покемоны.
И снова цель игры - стать тренером-чемпионом и попытаться заполнить покедекс. Чтобы стать чемпионом, игрок сражается с лидерами спортивных залов, получая различные значки. Для пополнения покедекса требуется другой набор действий: ловля диких покемонов, сражения с различными тренерами для получения денег и торговля покемонами с NPC и другими владельцами игр Pokémon.