После того, как они вели свою гражданскую войну на своей родной планете под названием Строгги, Строгги отправились в космос, чтобы завоевать другие планеты и изучить другие расы, чтобы интегрировать их в свою собственную. В 2060 году они войдут в космос над своей следующей целью: Землей. Глобальные силы обороны (GDF) полностью подавлены атакой этих высокоразвитых сил, но они не сдаются и сражаются за свое выживание. В конечном итоге Земля попадет в руки Строггов, и события, которые приведут к началу Quake II, будут разворачиваться, но до тех пор вы будете важной частью этой последней битвы за контроль над планетой!
Как преемник Wolfenstein: Enemy Territory, Quake Wars фокусируется на целеустремленном игровом процессе, а не просто на захвате флагов, как вы это делаете в Battlefield Series. Это означает, что на каждой карте одна команда должна выполнить цель, а другая - ее охранять. Например, на карте «Долина» GDF необходимо построить мост, затем провести MCP через мост к ближайшей заставе, взломать Strogg-щит, чтобы MCP мог запустить ракету по базе Strogg, чтобы GDF мог войдите в него и уничтожьте генератор.
Чтобы сделать его еще более сложным, большинство задач должно быть выполнено определенным классом. С каждой стороны по пять классов, и у каждого класса есть особые способности. Инженер, например, может построить мост в Долине, отремонтировать поврежденные машины или установить личности, в то время как полевые операции поддерживают своих товарищей по команде, раздавая оружие и размещая артиллерийские системы. Поскольку все карты довольно большие, у вас также есть доступ к нескольким видам транспортных средств, от маленьких квадроциклов до вертолетов.