В игре Command & Conquer: Red Alert 3 безнадежные лидеры обреченного Советского Союза отправляются в прошлое, чтобы изменить историю. Появляется новая альтернативная временная линия, в которой Советский Союз становится ведущей сверхдержавой, но при этом обнаруживается, что кое-что пошло не так. Идет Третья мировая война, на востоке восстала Японская империя восходящего солнца, бросив вызов советскому стремлению к мировому господству. Теперь возникает трехсторонняя война между Советским Союзом, союзниками и новой фракцией Империи восходящего солнца.
Игра следует традициям серии Command & Conquer, где игрок должен построить базы и создать массивные силы нападения, чтобы уничтожить всех врагов. Игрок может выбрать любую из трех фракций, каждая из которых имеет свой набор пехоты, бронетехники, самолетов, кораблей, а также здания с новыми технологиями, улучшениями и всемогущим супер-оружием. Игроки ведут все свои постройки с боковой панели, что позволяет им создавать очереди производства и быстро и легко развертывать сооружения.
Версия для Xbox 360 практически идентична, но изменена в соответствии с управлением консоли.